El fin fundacional de la FUNCCET es fomentar e impulsar la ciencia en general y, de forma especial, en todo lo concerniente a la investigación, prevención y control de las enfermedades tropicales, emergentes y ligadas a la pobreza.
La aspiración del patronato es que la FUNCCET sea un referente en la lucha contra las enfermedades tropicales y ligadas a la pobreza, en los ámbitos de actuación definidos en los estatutos fundacionales.